硅藻土滤料的过滤精度相比石英砂更高，价格也能在使用方承受的合理范围，同时我们也清楚，硅藻土实际上并不是目前国内游泳池水处理系统方案的较好选择。
1、硅藻土过滤材料是细小的颗粒，在日常投加滤料的过程中，一定会有部分滤料的粉尘，悬浮在空气中，被吸入人体，会对操作人员的呼吸系统造成明确的危害。
2、硅藻土的颗粒较小，如果直接随反冲洗污水排入市政污水管道，絮凝物可能会堵塞市场管道。在国外使用硅藻土作为过滤介质，会明确要求对污水中的硅藻土进行分离并压制成固体垃圾再处理，不允许直接排放。
3、商业泳池和大型泳池在使用硅藻土时，需要配备回收专业设备，这些设备不仅投资高，占地面积大，运行的成本也高，而且废弃硅藻土垃圾的处理，也不能像处理普通生活垃圾一样，增加了游泳池水处理操作的复杂性，对后期游泳场馆的运营和水质维护等工作埋下隐患。
4、如果采用硅藻土滤料，游泳池水处理就无法实现逆流式过滤，所以也就无法解决泳池表面漂浮物、布水不均匀以及防吸附等安全隐患问题。
5、因为一般情况下硅藻土中所含二氧化硅占大多数，其它少量无机盐类为氧化铝、氧化铁。当硅藻土从矿床中开采出来时，还含有大量泥沙及杂质。
因此如果使用到质量不过关的硅藻土滤料，不仅不能起到过滤助剂的作用，还可能会导致水中铁、锰等金属离子的浓度升高，从而影响泳池水的卫生安全，不利于游泳池运营和游泳池维护管理。